《规定》首先对自然保护区范围调整、功能区调整和更改名称作出规定。《规定》明确，地方级自然保护区不得随意调整。调整地方级自然保护区应本着尊重历史、保护优先、科学划定的原则开展，原则上不得缩小核心区、缓冲区面积，不破坏生态系统和生态过程的完整性，不损害生物多样性，不得改变自然保护区性质，确保主要保护对象得到有效保护。对面积偏小，不能满足保护需要的地方级自然保护区，应鼓励扩大保护区范围。除扩大范围外，自批准建立或调整地方级自然保护区之日起，原则上五年内不得进行调整。调整地方级自然保护区应当避免与风景名胜区、森林公园、湿地公园、地质公园等其他类型的保护地在范围上发生新的重叠。
《规定》明确，自然保护区存在四种情况之一的，可以申请调整：一是自然条件变化导致主要保护对象生存环境发生重大改变。二是在批准建立自然保护区之前区内存在建制镇或城市主城区等人口密集区，且不具备保护价值。三是国家及省级重大工程建设需要。因受自然条件限制，确实无法避让的铁路、公路、航道等省级以上重大工程和公共服务设施工程建设需要。四是确因地方级自然保护区所在地地名、主要保护对象发生重大变化的，可以申请更改名称。
《规定》提出，主要保护对象属于下列情况之一的，调整时不得缩小保护区核心区面积或对保护区核心区内区域进行调换：国际或国内同类型中的典型自然生态系统，或者属于国家珍稀濒危物种的栖息地;国际或国内唯一或特殊的自然遗迹，且遗迹的类型、内容、规模等具有重要对比意义;保护对象发挥着极其重大的生态服务功能，一旦丧失或发生重大变化，将会对区域生态安全造成影响;国家一级重点保护物种。
《规定》强调，对因管理不善、保护不力，导致破坏特别严重、失去保护价值的地方级自然保护区，可按批准设立程序报请省人民政府批准后依法撤销，并追究相关人员的责任;对经核实仍能达到地方级自然保护区条件的，保留其自然保护区资格，并追究相关人员责任。
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